Los geólogos han identificado cuatro fases distintas de actividad volcánica que contribuyeron a la formación del Monte Fuji. En primer lugar, el Sen-komitake, alrededor de 400.000 - hace 100.000 años, formó un núcleo de andesita oculto. En segundo lugar, el Komitake-Fuji, que se produjo alrededor de 300.000 - hace 100.000 años, añadió una capa de basalto, dando forma a la base. Después, el Ko-Fuji (Viejo Fuji) formado hace unos 100.000 a 17.000 años, construyó la mayor parte de la montaña mediante capas alternas de lava y ceniza. Por último, Shin-Fuji (Nuevo Fuji), la fase en curso, que comenzó hace 10.000 años, es responsable del emblemático cono simétrico de la montaña y de la erupción más reciente.