Os geólogos identificaram quatro fases distintas de atividade vulcânica que contribuíram para a formação do Monte Fuji. Em primeiro lugar, o Sen-komitake, cerca de 400.000 - 100.000 anos atrás, formou um núcleo de andesito oculto. Em segundo lugar, o Komitake-Fuji, que ocorreu por volta de 300.000 - 100.000 anos atrás, adicionou uma camada de basalto, moldando a base. Em seguida, o Ko-Fuji (Old Fuji) , formado há cerca de 100.000 a 17.000 anos, construiu a maior parte da montanha por meio de camadas alternadas de lava e cinzas. Por fim, Shin-Fuji (Novo Fuji), a fase em andamento, que começou há 10.000 anos, é responsável pelo icônico cone simétrico da montanha e pela erupção mais recente.