Geologen hebben vier verschillende fasen van vulkanische activiteit geïdentificeerd die hebben bijgedragen aan de vorming van Mount Fuji. Ten eerste, de Sen-komitake, ongeveer 400.000 - 100.000 jaar geleden, vormde een verborgen andesietkern. Ten tweede was er de Komitake-Fuji, die rond 300.000 voorkwam. - 100.000 jaar geleden, voegde een laag basalt toe en vormde zo de basis. Daarna bouwde de Ko-Fuji (Oude Fuji) , die ongeveer 100.000 tot 17.000 jaar geleden werd gevormd, het grootste deel van de berg op door afwisselende lagen lava en as. Tot slot, Shin-Fuji (Nieuwe Fuji), de voortgaande fase, die 10.000 jaar geleden begon, verantwoordelijk is voor de iconische symmetrische kegel van de berg en de meest recente uitbarsting.