I geologi hanno identificato quattro fasi distinte di attività vulcanica che hanno contribuito alla formazione del Monte Fuji. In primo luogo, il Sen-komitake, circa 400.000 - 100.000 anni fa, formò un nucleo di andesite nascosto. In secondo luogo, il Komitake-Fuji, che si è verificato intorno a 300.000 - 100.000 anni fa, ha aggiunto uno strato di basalto, modellando la base. Poi, il Ko-Fuji (Vecchio Fuji) formatosi tra i 100.000 e i 17.000 anni fa, ha costruito la maggior parte della montagna attraverso strati alternati di lava e cenere. Infine, Shin-Fuji (Nuovo Fuji), la fase in corso, iniziata 10.000 anni fa, è responsabile dell'iconico cono simmetrico della montagna e dell'eruzione più recente.