Les géologues ont identifié quatre phases distinctes d'activité volcanique qui ont contribué à la formation du Mont Fuji. Tout d'abord, le Sen-komitake, environ 400 000 - Il y a 100 000 ans, un noyau andésitique caché s'est formé. Deuxièmement, le Komitake-Fuji, qui s'est produit aux alentours de 300 000 - Il y a 100 000 ans, une couche de basalte a été ajoutée, façonnant le socle. Ensuite, le Ko-Fuji (Old Fuji) , formé il y a environ 100 000 à 17 000 ans, a construit l'essentiel de la montagne en alternant des couches de lave et de cendres. Enfin, Shin-Fuji (New Fuji), la phase en cours, qui a commencé il y a 10 000 ans, est responsable du cône symétrique emblématique de la montagne et de l'éruption la plus récente.