Geologen haben vier verschiedene Phasen vulkanischer Aktivität identifiziert, die zur Entstehung des Fuji beigetragen haben. Erstens, der Sen-komitake, etwa 400.000 - Vor 100.000 Jahren bildete sich ein verborgener Andesitkern. Zweitens, die Komitake-Fuji, die rund 300.000 - Vor 100.000 Jahren kam eine Basaltschicht hinzu und formte die Basis. Dann bildete sich der Ko-Fuji (Alter Fuji) vor etwa 100.000 bis 17.000 Jahren und baute den Großteil des Berges durch abwechselnde Schichten aus Lava und Asche auf. Shin-Fuji (Neuer Fuji), schließlich ist die laufende Phase, die vor 10.000 Jahren begann, für den ikonischen symmetrischen Kegel des Berges und die jüngste Eruption verantwortlich.